Toàn Văn Nghị Định 359/2025/NĐ-CP: Sửa Đổi Quan Trọng Về Thuế GTGT Nông Sản & Hoàn Thuế (Hiệu Lực 01/01/2026)

Ngày 31/12/2025, Chính phủ đã chính thức ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng. Văn bản này mang đến tin vui lớn cho các Doanh nghiệp và Hợp tác xã kinh doanh hàng nông, lâm, thủy sản.

1. Điểm mới quan trọng nhất: Cơ chế “Không kê khai – Vẫn khấu trừ”

Tại Điều 1 của Nghị định 359/2025/NĐ-CP đã bổ sung Khoản 1b sau Khoản 1 Điều 4 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, quy định lại hoàn toàn cơ chế tính thuế cho khâu lưu thông thương mại nông sản.

Cụ thể:

Doanh nghiệp, Hợp tác xã (HTX) nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến (hoặc chỉ qua sơ chế thông thường) để bán cho Doanh nghiệp, HTX khác thì:

1. Đầu ra: Không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng.
2. Đầu vào: Vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Ý nghĩa: Quy định này giúp tháo gỡ khó khăn về dòng tiền cho doanh nghiệp, giảm thủ tục hành chính và khuyến khích tiêu thụ nông sản thông qua kênh thương mại chính ngạch.

Có thể bạn quan tâm:

NGHỊ ĐỊNH 373/2025/NĐ-CP: 6 THAY ĐỔI CỐT LÕI VỀ KỲ KHAI THUẾ & BIỂU MẪU MỚI TỪ 2026

2. Phân biệt mức thuế suất cụ thể (0%, 5% hay Không kê khai?)

Nghị định phân chia rất rõ các trường hợp áp dụng thuế suất khác nhau đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến:

• Trường hợp 1 (Thương mại B2B): Doanh nghiệp/HTX bán cho Doanh nghiệp/HTX khác -> Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
• Trường hợp 2 (Bán cho đối tượng khác): Doanh nghiệp/HTX bán cho Hộ kinh doanh, cá nhân, hoặc các tổ chức khác -> Phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5%.
• Trường hợp 3 (Hộ kinh doanh/Doanh nghiệp nộp thuế trực tiếp): Khi bán sản phẩm nông sản ở khâu kinh doanh thương mại thì tính thuế GTGT phải nộp theo tỷ lệ 1% nhân với doanh thu.

(Nếu bạn là Hộ kinh doanh đang thắc mắc về mức thuế này, hãy tham khảo thêm bài viết: Từ 2026 Hộ Kinh Doanh Có Được Xuất Hóa Đơn VAT Không?).

3. Quy định chuyển tiếp về Hoàn thuế GTGT

Để đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp trong giai đoạn giao thời giữa các văn bản luật, Khoản 2 Điều 2 Nghị định 359/2025/NĐ-CP quy định rõ:

• Cơ sở kinh doanh đã nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT và được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026.
• Nhưng đến ngày này cơ quan thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế.
• Quyền lợi: Cơ sở kinh doanh không phải đáp ứng điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT” đối với các hóa đơn đầu vào đã xuất trước đó.

Điều này gỡ rối cho tình trạng “ách tắc” hoàn thuế do phải chờ xác minh nguồn gốc hóa đơn đầu vào của người bán, giúp doanh nghiệp giải phóng nguồn vốn nhanh hơn.

4. Hiệu lực thi hành

• Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.
• Đồng thời, bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 của Nghị định cũ.

5. Toàn văn Nghị định (Tải về/Tham khảo)

Doanh nghiệp và Kế toán cần lưu ý cập nhật ngay các thay đổi này trên phần mềm kế toán và phần mềm hóa đơn điện tử để xuất hóa đơn đúng quy định (Ký hiệu thuế suất, dòng thuế).

Đặc biệt lưu ý các quy định về hóa đơn sai sót nếu lỡ xuất sai thuế suất trong những ngày đầu năm 2026. Xem hướng dẫn xử lý tại: Nguyên Tắc Lập & Xử Lý Hóa Đơn Sai Sót: Cập Nhật Nghị Định 70/2025/NĐ-CP.

/* CSS GIỮ NGUYÊN (Đã chuẩn) */
.law-doc-wrapper {
position: relative; background: #f9f9f9; border: 1px solid #ddd;
border-radius: 8px; margin: 30px 0; transition: all 0.3s ease;
display: flex; flex-direction: column;
height: 800px; max-height: 80vh; overflow: hidden;
box-shadow: 0 4px 6px rgba(0,0,0,0.05);
}
.law-toolbar {
background: #fff; border-bottom: 1px solid #eee;
padding: 10px 15px; display: flex; justify-content: space-between; align-items: center;
flex-shrink: 0; z-index: 10;
}
.law-title { font-weight: bold; color: #333; font-size: 14px; text-transform: uppercase; }
.law-actions { display: flex; gap: 8px; }
.law-btn {
background: #fff; border: 1px solid #ccc; color: #0073aa;
padding: 6px 12px; font-size: 13px; cursor: pointer; border-radius: 4px;
text-decoration: none; display: inline-flex; align-items: center; font-weight: 600;
}
.law-btn:hover { background: #0073aa; color: #fff; border-color: #0073aa; }
.law-content-container {
flex-grow: 1; overflow-y: auto; -webkit-overflow-scrolling: touch;
background: #525659; padding: 20px; text-align: center; position: relative;
}
.law-images-list { display: flex; flex-direction: column; gap: 15px; align-items: center; }
.law-images-list img { max-width: 100%; box-shadow: 0 2px 8px rgba(0,0,0,0.2); background: #fff; width: auto; height: auto; }
.law-pdf-frame { width: 100%; height: 100%; background: #525659; }
.law-pdf-frame iframe { border: none; display: block; width: 100%; height: 100%; }
.law-close-fs {
position: absolute; top: 15px; right: 20px;
background: rgba(0,0,0,0.7); color: white; border: 1px solid rgba(255,255,255,0.3);
padding: 8px 16px; border-radius: 20px; cursor: pointer;
z-index: 1001; display: none; font-weight: bold; backdrop-filter: blur(4px);
}
.law-doc-wrapper.is-fullscreen {
position: fixed !important; top: 0; left: 0; bottom: 0; right: 0;
width: 100vw !important; height: 100vh !important; height: 100dvh !important;
z-index: 999999; margin: 0; border: none; border-radius: 0;
}
.is-fullscreen .law-toolbar { display: none; }
.is-fullscreen .law-close-fs { display: block; }
.is-fullscreen .law-content-container { padding: 0; background: #333; }
.is-fullscreen .law-images-list { padding: 20px; }
@media (max-width: 768px) {
.law-doc-wrapper {
height: 85vh; max-height: none; margin: 20px -15px;
width: calc(100% + 30px); border-radius: 0; border-left: none; border-right: none;
}
.law-content-container { padding: 0 !important; }
.law-toolbar { padding: 8px 10px; }
.law-title { font-size: 12px; max-width: 120px; overflow: hidden; text-overflow: ellipsis; white-space: nowrap; }
.law-btn { padding: 5px 8px; font-size: 11px; }
.law-pdf-frame iframe { min-height: 100%; }
}